判定是否为亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲;

因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。鉴定结果如果符合该规律，则不排除亲生关系，若不符合，则排除亲生关系(变异情况除外)。在大多数 的情况下，母、子关系是已知的，要求鉴定假设父和孩子是否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因(生父基因， OG )。 然后观察假设父亲的基因型，如果不具有生父基因，则可排除假设父与孩子的亲生关系。

若假设父也具有生父基因，结果就不能排除假设父的亲生关系，假设某案例中母亲是 FGA-22/23 型，孩子为 22/25 型，从比较中可确定生父基因是 FGA-25 。此案中假设父 1 为 FGA-22/24 型;假设父 2 为 24/25 型。其中假设父 1 不具备生父基因 25 ，故可排除他与孩子的亲生关系;相比之下，假设父 2 因具有 FGA-25 ，不排除与孩子有亲生关系。